Második szezon

2.01 Homecoming (1/3)

Kira és O'Brien egy kardassziai holdról kiszabadítja Bajor legendás hírű háborús hősét, Li Nalast.

2.02 The Circle (2/3)

A posztjáról leváltott Kira őrnagy visszatér Bajorre, egy kolostorból terroristák rabolják el. Sisko és társai kiszabadítják az ún. Circle kezéből.

2.03 The Siege (3/3)

Sisko és társai az állomást védik a galád Jaro miniszter emberei elől, míg Kira és Dax megpróbál bizonyítékokat vinni a bajori kormánynak arról, hogy a kardassziaiak pénzelik a felkelőket. Céljuk az, hogy a káoszban visszatérve újra elfoglalják Bajort.

2.04 Invasive Procedures

Egy trill férfi és társai egy vihar közepette menedéket kérnek az állomáson, majd foglyul ejtik Daxet, hogy kioperálják belőle a szimbiótát és átültessék a másik trillbe. Jadzia meghal, ha elveszik tőle Daxet.

2.05 -- Cardassians

Egy kardassziai árva, akit a bajoriek neveltek fel nem akar visszatérni szülőföldjére, inkább nevelőszüleivel maradna.

2.06 -- Melora

Bashir beleszeret Melorába, aki csak null-gravitációban tud járni.

27. Rules of Acquisition

Quark nagy üzleti fogásra keszül, de egyik munkatársáról kiderül, hogy nő aki nemcsak ruhában jár, de még profitot is csinál, kétszeresen szegte meg az ősi ferengi törvényeket.

28. Necessary Evil

Quarkot meg akarják ölni, ennek kapcsán Odo elővesz egy régi ügyet, amelyben Kira őrnagy is gyanúsított volt még a megszállás idején. Az akkor Gul Dukát parancsnoksága alatt lévő állomáson bajori terroristák robbantásokat hajtottak végre és leszámoltak a kardassziai besugókkal. Odo vezette egy bajro informátor meggyilkolásának ügyét, Kira alibije egy ugyanakkor elkövetett robbantás volt. Most kiderül, hogy nem egészen úgy zajlottak le a dolgok, mint ahogy azt eddig hitte.

29. Second Sight

Sisko beleszeret egy rejtélyes nőbe, aki nem az, akinek mondja magát.

30. Sanctuary

A wormhole-on keresztül furcsa idegenek érkeznek az állomásra, akik azt állítják, hogy legendáik szerint Bajor az ő otthonuk. Bevándorlók indulnak a bolygó felé, ezt azonban a katonaság nem hagyhatja annyiban.

31. Rivals

Egy sármos svindler szórakozóhelyet nyit Quark bárjával átellenben és a ferengi természetesen nem örül ennek. Odo leplezi le az el-auriant, aki képességeit vendégei titkának kiderítésére használta fel.

32. The Alternate

Odo mentora, Dr Mora érkezik az állomásra. Az alakváltó kezdetben nem örül a férfi látogatásának, de megváltozik a véleménye, amikor megtudja, hogy Dr Mora adatokkal szolgálhat eredetét illetően.

33. Armageddon Game

Dr Bashir és chief O'Brien segít egy idegen fajnak megszabadulni tömegpusztító fegyvereiktől. Mihelyt megsemmesítették az utolsó bombát is, őket is el akarják tenni az útból, mivel ismerik a bomba összetételét.

34. Whispers

O'Brien visszatér egy biztonsági küldetésről, de társai gyanakodva fogadják. Egyedül az általa végzett munka részletei érdekli őket. O'Brien ellop egy shuttle-t, mert gyanítja, hogy társai az életére törhetnek.

35. Paradise

Sisko és O'Brien megreked egy bolygón, ahol egy föderációs egység zuhant le 10 évvel korábban. A csapat tagjai nem használják a modern technológia vívmányait, mindent saját erejükből, régimódi szerszámaikkal építenek fel.

36. Shadow Play

Odo és Dax egy idegen világ lakóinak próbál segíteni. Falujukból sorra tűnnek el az emberek és Dax rájön, hogy az egész falu valójában csak a holoprojektorok terméke.

37. Playing God

Dax egy szimbiózisra alkalmasnak vélt trillt vizsgáztat. Ezalatt az állomásra került élőlényről kideríti, hogy az valójában egy kisméretű univerzum, amit most gyorsan el kell vinni a fedélzetről, különben megsemmisíti azt.

38. Profit and Loss

Az állomásra érkezik Quark régi szerelme, Natima Lang professzor asszony. A cardassziai nőt üldözi kormánya, mivel két tanítványa a disszidens mozgalom tagja. Quark felajánlja segítségét.

39. Blood Oath

Jadzia Dax kockára teszi karrierjét, hogy segítsen korábbi hordozójának, Curzon három klingon barátjának. Ko, Kang és Koloth egy albínó után nyomoz, aki annak idején megölte gyermekeiket.

40-41. The Maquis 1-2.

Sisko leleplez egy terrorista csoportot, akik háborút akarnak kezdeni a cardassziaiakkal. Később Gul Dukat segítségével a sikerül megállítani a Maquist-t és vezetőjüket, Sisko barátját.

42. The Wire

Garak megbetegszik és Dr Bashir kezdetben nem tud segíteni rajta. Amikor megtudja, hogy a cardassziai fejébe ültetett implant a baj okozója, Cardassziára utazik, hogy az ottaniak segítségét kérje.

43. Crossover

Kira és Dr Bashir egy baleset következtében a tükör-univerzumban landolnak. Abban a világban az állomást a gonosz Kira intendánsnő vezeti, a földieket pedig robotmunkára fogják. Sisko, aki itt kalózként az intendánsnőt szolgálja, segít Bashiréknak megszökni.

44. The Collaborator

Bajorön közeledik a kai-választás időszaka, a két legesélyesebb jelölt Vedek Winn és Vedek Bareil. A közkedveltebb Bareilról azonban rettenetes dinformációk kerülnek elő: a megszállás alatt elárulta népét.

45. Tribunal

Chief O'Brien elrabolják és halálra ítélik Cardasszián. Sisko megpróbálja kideríteni, mi történt valójában, mialatt Odo a bíróság döntését próbálja valahogy enyhíteni.

46. The Jem'Hadar

Benjamin és Jake Sisko, valamint Quark és Nog a gamma-kvadránsba repül, ahol a hirhedt jem'hadar fogságába esnek. Egy fogolytársuktól megtudják, hogy az egész kvadráns a rettegett dominion uralma alá tartozik, akik most az alfa-kvadránsra vetettek szemet.

Harmadik szezon