Első szezon
01 Where No Man Has Gone Before
Az Enterprise a galaxis egy távoli részében energiamezőbe ütközik. Dr Dehner és Gary Mitchell a mező hatására felerősödnek ESP-energiáik, egyfajta szuperlényekké válnak.
02 The Corbomite Maneuver
Az Enterprise találkozik Balokkal, aki meg akarja semmisíteni a csillaghajót. Kirk kapitány szokatlan taktikát alkalmaz, hogy megmentse legénysége életét.
03 Mudd’s Women
A fedélzetre transzportál Harry Mudd három nő társaságában. Mudd szabotálja a csillaghajó dilithuium kristályait; azért, alkudozni kezdhessen a kapitánnyal.
04 The Enemy Within
Egy transzporterbaleset következtében Kirk kapitány megkettőződik, agresszív énje akar a kapitányi székbe ülni, amit azonban sem a legénység, sem passzívabb énja nem néz jó szemmel.
05 The Man Trap
Az Enterprise Carter professzort és feleségét látogatja meg egy távoli bolygón, a legénység tagjait egy furcsa lény támadja meg, aki leszívja a szervezetükben található sókat.
06 The Naked Time
Ismeretlen vírus fertőzi meg a az Enterprise utasait. Riley hadnagy átveszi a gépterem irányítását, ha Kirkéknek nem sikerül visszaszerezni a gépeket, mindannyian életüket veszthetik.
07 Charlie X
A csillaghajó fedélzetére érkezik Charlie, egy fiatal fiú, aki egy lakatlan bolygón nőtt fel. Az út során a fiú beleszeret Rand segédtisztbe, amikor a nő visszautasítja, Chalie bosszút áll a legénység férfitagjain.
08 What Are Little Girls Made Of?
Egy brilliáns tudós, Dr Roger Korby, egy ősi civilizáció technológiáját felhasználva androidokat fejleszt ki egy távoli bolygón. Az Enterprise-t elrabolva akarja androidjaival benépesíteni az univerzumot.
09 The Balance Of Terror
Romulánok pusztítják el a semleges zóna melletti föderációs kolóniát. Az Enterprise a helyszínre siet, fel kell venniük a harcor az ellenség álcázóberendezélssel rendelkező hajójával.
10 Dagger Of The Mind
Kirk és hajója pszichiátere, Dr Noel egy föderációs elmeintézetben tesz látogatást. Távozásuk előtt a fedélzetre transzportálnak egy potyautast az egyik konténerben. A férfi nem kezelt volt a bolygón, hanem az intézet igazgatóhelyettese, egy olyan szerkezetet feltalálója, amely segítségével el lehet zárni az agyat az érzelmi impulzusoktól.
11 Miri
Egy a földre sokban hasonlító bolygón a felnőtt lakosságot elpusztította egy vírus. A túlélők növekedése annyira lelassult, hogy akár 300 évig is gyerekek maradhatnak. Az egyik ilyen túlélő, Miri, egy tizenéves lány beleszeret Kirkbe, de ez Sem akadályozza meg abban, hogy részt vegyen a kapitány csapatának elrablásában. Rand segédtiszttel kezdik az emberrablást, de hamarosan Mirin, Randen és Kikrön is mutatkozni kezdenek a betegség jelei. Kirk megpróbálja meggyőzni a gyerekeket, hogy előbb-utóbb ők is megbetegszenek, tehát szükségük lesz az Enetrprise segítségére.
12 The Conscience Of The King
Kirköt értesíti egy barátja, hogy Tarsus IV. diktátora; Kodos, a Mészáros jelenleg Karidian néven egy színésztársulatban rejtőzik. Kirk nem akarja elhinni ezt, amíg Leighton holttestét meg nem találják. A férfi halála után már csak két túlélője marad a tarsusi mészárlásnak, Kirk és Riley hadnagy. A kapitány felajánlja, hogy elviszi a társulatot a követlező fellépésre, hogy szemmel tarthassa Karidiant, de valaki merényletet követ el ellenük.
13 The Galileo Seven
A Spock parancsnoksága alatt álló űrsikló lezuhan egy barbárok lakta bolygón, de az Enterprise nem tud a segítségükre sietni, mert gyógyszereket szállítanak egy távoli kolóniára.
14 Court-Martial
Kirk kapitányt gyilkosággal vádolják, egy rossza parancsa miatt Finney tiszt életét vesztette egy ion vihar közepette. Kirk azt állítja, hogy elegendő időt biztosított Finney-nek arra, hogy biztonságos helyre vonuljon, de az Enterprise komputerei szerint nem ez történt...
15-16 The Ménagerie I-II.
Az Enterprise-t Pike kapitány a 6-os Űrállomáshoz rendeli, de a helyszínen kiderül, hogy Pike kapitány egy baleset során megbénult; ő nem hívhatta őket. Röviddel ezután Spock hamis üzeneteket küld a Kirk nevében a hajóra, jelzi, hogy ő és Pike a fedélzetre transzportálnak; majd a hajó Kirk nélkül elindul.
17 Shore Leave
McCoy doktor javaslatára a legénység szabadságra megy, egy látszólag lakatlan bolygó fedélzetén akarják kipihenni magukat. A felszínen azonban furcsa dolgok történnek, a bolygó egyre inkább Alíz csodaországához kezd hasonlítani. Az Enterprise tisztjeit különleges gépek követik, bármit kívánnak is, az valósággá válik.
18 The Squire Of Gothos
Az Enterprise rálel egy bolygóra, amely egy térképükön sem szerepel; és nem tudnak elszabadulni annak gravitációs mezejéből. Kirk és társai lemennek a felszínra, ahol szembe találják magukat fogvatartójukkal, az éretlen, de nagy hatalmú Trelane-nel. Kirk megpróbálja kicselezni Trelane-t, de a lény mindent megtesz, hogy győztesen kerüljön ki kettejük párbajából - a csalástól sem riad vissza.
19 Arena
Az Enterprise egy segélykérésre reagálva érkezik egy távoli bolygóhoz, ahol azonban már csak egy túlélőt találnak. Az Enterprise üldözőbe veszi az ismeretlen támadókat, időközben belépnek a metronok területére. A metronok Kirköt és a telepeseket lemészárló gorn kapitányt kirakják egy bolygón, hogy ott kűzdjenek meg legénységük életéért.
20 The Alternative Factor
Az Enterprise egy lakatlan bolygó felett áll orbitális pályára, Kirk és csapata a légköri zavarokat kezdi vizsgálni. Rátalálnak egy Lázár nevű férfira, aki azt állítja, hogy saját antianyag ellenképével áll harcban. Lázár bajba sodorhatja az Enterprise-t is, mert valóban úgy tűnik, hogy egy másik dimenzióból fenyegeti valaki.
21 Tomorrow Is Yesterday
Egy kisebb baleset következtében az Enterprise legénysége az 1960-as évek Amerikájában találja magát. A légierő gépei azonnal az 'UFO' elfogására indulnak, az egyik pilóta a fedélzetre kerül. John Christopher kapitányt üdvözlik a 23. századi űrutazók, majd közlik vele, hogy nem térhet vissza a felszínre. Spock kideríti, hogy Christopher fia jelentős szerepet tölt be majd az emeberiség történelmében, ezért valamit ki kell találniuk, nehogy beavatkozzanak az idő menetébe.
22 The Return Of The Arkhons
Sulu és egy társa inkognítóban egy ősi kultúrát tanulmányoz, de lelepleződnek, így kénytelenek menekülni. Sulut eltalálja egy furcsa fegyver, a tiszt azonnal egy Landru nevű lény befolyása alá kerül. Kirk és Spock a felszínen megtudja, hogy a bolygó lakói Landru rabszolgái.
23 A Taste Of Armageddon
Az Enterprise az Eminar VII és a Vendikar nevű kettős bolygónál jár, hogy Fox nagykövet eldönthesse, felvegyék-e a bolygókat a Föderációba. A felszínre érve tudják meg, hogy a bolygók háborúban állank egymással; Kirkkel közlik, hogy hajóját eltalálta egy rakéta. Kirk és Spock rájönnek, hogy a háborút valójában komputerek vívják, ezek döntik el, hol és hányan halnak meg.
24 Space Seed
Az Enterprise elfog egy sodródó hajót, melynek utasai az 1990-es évek óta hibernálva voltak. Abban a korban a föld irányítását egy csapatnyi genetikailag kifejlesztett szuperlény akarta átvenni. A hajóutasai a megmaradt szuperlények, vezetőjük, Khan, a 23. században akarja folytatni uralmát és első lépésként el akarja foglalni az Enterprise-t.
25 This Side Of Paradise
Egy csapat telepes, akiket a nagy mértékű sugárzás beteggé kellett volna tegyen, jó egészségnek örvend. Kirk és társai a felszínre mennek, hogy kiderítsék, mi történt. McCoy doktor döbbenten tapasztalja, hogy a kolónia lakói nem akarják elhagyni a bolygót, bármekkora veszély fenyegesse is őket. Spock, akit megfertőz egy furcsa virág, úgy dönt, hogy a telepesekkel és régi ismerőséval, Leilával marad.
26 Devil In The Dark
Egy bányásztelepről rejtélyes haláleseteket jelentenek, a bánya addig feltérképezetlen részeiben megkezdődik a hajsza a titokzatos gyilkos után.
27 Errand Of Mercy
A klingonok támadást intéznek egy nagy startégiai fontosságú semleges terület ellen.
28 The City On The Edge Of Forever
McCoy doktor véletlenül bead magának egy nagy adag cordazine-t, egy ismeretlen bolygón az Örökkévalóság Őrzőjén keresztül visszautazik az időben és megváltoztatja a jelent. Kirk és Spock követi a doktort a harmincas évek Amerikájába, ahol Kirk beleszeret Edith Keelerbe, szép és optimista szociális munkásba. Amikor végre megtalálják McCoyt, Kirknek nem szabad megakadályznia Edith halálát, hogy a történelem visszatérhessen rendes medrébe.