Első szezon
1.01 és .02 -- Emissary
A Deep Space Nine állomás irányítását átveszi a bajori kormány képviselője, Kira őrnagy és a Föderáció parancsnoka, Benjamin Sisko. (Sisko felesége évekkel ezelőtt letét veszette a borg elleni küzdelemben.) Dax hadnagy felfedezi a szektor egyetlen állandó féreglyukát, ami az Alfa-kvadránst a távoli Gamma Kvadránssal köti össze. Míg Sisko a féreglyukban élő misztikus lényekkel találkozik, addig megjelennek bajori nép korábbi elnyomói az állomás korábbi parancsnokának, Gul Dukatnak vezetésével, a kardassziaiak, hogy megszerezzék az évszázad tudományos felfedezését. Ők is belépnek a wormhole-ba, hajójuk eltűnik. Kira őrnagy a féreglyuk szájához 'viteti' az állomást, hogy jobb startégiai helyzetben legyenek, de fegyverek nélkül nem sokra menneének. Sisko parancsnok az utolsó pillanatban érkezik vissza a kardassziai hajót vontatva. Az addig vonakodó Sisko végül elfogadja kinevezését DS9-re.
1.03 -- Past Prologue
A bajori ellenálló mozgalom egy korábbi tagja, Kira őrnagy barátja az állomáson keres menedéket. Kiderül, hogy a továbbra is aktív mozgalom DS9-et és Kirát akarja felhasználni céljai megvalósításához. Bashir doktor elhatározza, hogy leleplezi a DS9-on működő kémet, a kardassziai Garakot.
1.04 -- A Man Alone
Odót egy régi ellenségének meggyilkolásával vádolják. A nemrég szabadult férfi holttestét Quark holosuitjében találják meg, egyedül Odo lett volna képes láthatatlanul bejutni oda.
1.05 -- Babel
Miután O'Brien megjavítja a replikátorokat afáziavírus kezd terjedni az állomáson, a legénység tagjai már nem képesek ellátni feladatukat. Quarknak és Odónak együtt kell működnie, ha meg akarják akadályozni, hogy a bajori eredetű vírus elpusztítsa az állomást.
1.06 -- Captive Pursuit
Megérkeznek az első látogatók a Gamma-kvadránsból, de nem marad sok idő az ünneplésre, hiszen a látogatót fegyveresek üldözik. Tosk, az üldözött egy évszázadok óta folyó 'játék' új szereplője, akinek ezúttal O'Brien segít a menekülésben.
1.07 -- Q-Less
Az állomásra érkezik Q és Vash, akik eddig a Gamma-kvadránsban utazgattak. Vash elárverezteti az ott szerzett tárgyakat, nem sejtve, hogy azok egyike pusztulást hozhat DS9-ra. Q ezalatt Sisko parancsnokot hergeli.
1.08 -- Dax
Dax szimbiótáját gyilkossággal vádolják egy távoli bolygón; Jadziát elrabolják. Bíróság elé állítják a Curzon Dax által elkövetett gyilkosság vádjával.
1.09 -- The Passenger
Egy pszichopata gyilkos, aki a halhatatlanság megszállottja, szökés közben életét veszti. Valahogy mégis sikerül életben maradnia, a segítségére siető Bashir doktorba transzplantálja tudatát és folytatja addigi tevékenységét.
1.10 -- Move Along Home
Quark veszélyes játékba keveredik, miután csal a játéktermében. Sisko, Kira, Dax és Bashir egy furcsa társasjáték részesei lesznek, amely akár az életükbe is kerülhet.
1.11 -- The Nagus
Quark megörökli a legnagyobb ferengi címet, ő lesz népe nágusa - bérgyilkosok hada próbál lecsapni rá, de végül kiderül, hogy az igazi nágu, Zek próbára akarta tenni alattvalóit.
1.12 -- Vortex
Egy a gamma-kvadránsból menekült bűnöző alakváltókról hoz hírt Odónak. A biztonsági főnök szabadon engedi a férfit, egy elhagyott aszteroidra mennek, ahol alakváltók helyett a férfi kislányát találják.
1.13 -- Battle Lines
Sisko, Kira, Bashir és bajor vallási vezetője, Kai Opaka a Gamma-kvadránsba repül. Siklójuk lezuhan egy bolygón, ahol a kai életét veszti, de mégsem hal meg, egyike lesz a felszínen harcoló halhatatlanoknak, aki hosszú ideje gyilkolják egymást, majd után felélednek.
1.14. -- The Storyteller
Bashir megpróbál összebarátkozni O'Briennel ótban egy bajori falu felé. Később a falu lakói O'Brient választják haldokló mesélőjük helyébe, hogy elűzze az őket fenyegető gonoszt.
1.15. -- Progress
Kira újraértékeli eddigi életét, miután egy öreg bajorit kell kitelepítenie egy bajori holdról.
1.16. -- If Wishes Were Horses
Képzeletbeli figurák jelennek meg az állomáson és beleavatkoznak a legénység életébe. Bashir Dax alakmásával bajlódik, míg Sisko egy legendás baseball játékosnak próbálja elmagyarázni a képzelgések lényegét.
1.17 -- The Forsaken
Egy idegen szondáról letöltött vírus átveszi a komputer irányítását; miközben az állomásra látogató Lwaxana Troi beszorul a liftbe Odóval.
1.18 -- Dramatis Personnae
Egy ismeretlen erő befolyása alatt Kira és a bajoriek szembeszállnak a Siskóval és a Csillagflotta tisztjeivel.
1.19 -- Duet
Egy kardassziai háborús bűnös érkezik az állomásra, a gallitepi mészáros, Gul Dar'heel. Kira lecsukatja, de később kiderül, hogy a férfi nem a tábor vezetője, hanem annak írnoka, aki átoperáltatta magát, hogy Dar'heel nevében elismerje, hogy a kardassziaiak ártatlanok ezreit mészárolták le a megszállás idején.
1.20 -- In the Hands of the Prophets
Az új kai-jelölt, Vedek Winn az állomásra érkezik. Winn kisebb kavarodást kelt azzal, hogy elítéli Keiko tanításai módszereit, blaszfémiával vádolja.